Der Geschmack von Natto ist besonders. Er ist leicht nussig und angenehm salzig. Die fermentierten Sojabohnen regen durch die enthaltenen komplexen Proteinmoleküle die Verdauung an. Natto enthält durchschnittlich 17 Prozent Protein und ist reich an Vitamin K2 und Eisen. Zudem enthält es kein Cholesterin und kaum Fett sowie alle acht essenziellen Aminosäuren, die nicht vom Mensch produziert werden können und normalerweise durch den Verzehr von Fleisch aufgenommen werden müssen.

Die gesundheitsfördernde Wirkung wird unter anderem durch das Enzym Nattokinase gewährleistet, das mutmasslich Blutgerinnsel auflösen und bei Schlaganfällen und Herzinfarkten das Risiko senken kann.